エンタープライズ2
E2 | 宇宙暦：Unknown
エンタープライズ号が危険な亜空間トンネルに入ろうとした時、もう1つのエンタープライズ号が呼びかけてきた。それはアーチャーのクルーたちの子孫が操縦する、過去からやってきた船だった！
評議会の分裂
The Council | 宇宙暦 : Unknown
トゥポルとリードのチームは、厳重に防御されている球体の心臓部へ入っていく。一方、アーチャーとホシは、ズィンディ評議会を説得しようとする。しかし、その裏では邪悪な力が反抗を強めていた。
地球攻撃10時間前
Countdown | 宇宙暦 : Feb. 13, 2154
エンタープライズ号は、協力的なズィンディ船と共に、囚われの身のホシを救出し、爬虫類族を阻止してズィンディ兵器の発射を食い止めようとする。それが成功するかに見えた時、謎めいた球体創造者が介入を始めた。
最終決戦
Zero Hour | 宇宙暦：Feb. 14, 2154
アーチャーは、時間と競争しながら、ズィンディ兵器を阻止し、その内部から解体を図ろうとする。しかし、球体創造者と爬虫類族がそれを許さない。