生命（いのち）なき反乱
Revulsion | 宇宙暦：51186.2
異星人の船でクルーが死んでしまったために、その船のホログラムをヴォイジャーのドクターが救助することになった。ところが意外にも、そのホログラムは、ホログラムではない存在に対して敵意を持っていることがわかる。
心の傷を越えて
The Raven | 宇宙暦：Unknown
たび重なる不思議な幻覚を目にしたセブン・オブ・ナインは、シャトルを奪ってヴォイジャーを離れた。トゥヴォックとパリスによる、セブンを引き戻す試みは失敗に終わるが、セブンの深遠な過去が明らかになる。
DNAに刻まれた悪夢
Scientific Method | 宇宙暦：51244.3
ヴォイジャーのクルーは、身に覚えのない奇妙な症状に悩まされ始めた。ドクターは調査を行って、その原因を見つける。なんとヴォイジャーは、目に見えない異星人によって乗っ取られていたのだ。
時空侵略戦争（前編）
Year of Hell, Part I | 宇宙暦：51268.4
クレニムの時空兵器で攻撃されたため、セブンは時空変更に対抗する防衛手段を開発し、ヴォイジャーはクレニムの指揮官と対峙することになる。その指揮官はクレニム帝国の権勢を取り戻そうとしていた。